Planta herbácea plurianual, pero cultivada como anual. Tallo rastrero con capacidad para emitir raíces, muy ramificado, de crecimiento indeterminado o determinado por un racimo floral. Se cultiva rastrero o entutorado, para lo cual se poda dejando uno o dos tallos por planta. Las hojas son sencillas, pecioladas, de limbo muy hendido; parecen compuestas sin serlo. Al igual que todas las partes verdes de la planta, están cubiertas de pelos glandulares que al roce desprenden un liquido de olor característico. Esta especie no tiene dominancia apical, desarrollan todos los tallos axilares con el mismo vigor que el tallo principal, por lo que es necesaria la poda para forzar mayor producción. Esta operación se realiza cuando los tallos tienen entre 4 y 5 cm, haciendo que se desprenda por la zona de abscisión para conseguir una mejor cicatrización de la herida. Las flores aparecen en racimos que en la parte baja de la planta son sencillos y después más divididos y ramificados. El número de flores es muy variable y no aparecen al mismo tiempo, de forma que en un mismo ramo puede haber frutos y flores. El fruto es una baya carnosa, amarillo, rosado o rojo en la madurez, de forma esférica, aplastada, periforme o cilíndrica, y piel lisa o acostillada, con hombros verdes o sin hombros verdes. La planta de tomate es autógama, pero necesita unas condiciones mínimas de temperatura y humedad para la polinización. Para evitar problemas se usan productos de cuajado como pueden ser algunos derivados del ácido auxínico o técnicas como la de dar aire, en invernaderos, o el empleo de abejorros. La semilla tiene forma de disco de tres a cuatro milímetros de diámetro, de color gris y cubierta de pelos.